Nimm z.B. den linken Rand vom großen roten Fleck (oder was Dir gefällt, ich kenn' mich da nicht aus). [;)]
Per Dopplereffekt kann man auch Windgeschwindigkeiten messen und atmosphärische Erscheinungen abgrenzen (Neben Druck, Farbe, Zusammensetzung). Und bei Saturn sieht die Cassini-Sonde mehr Details, als jedes Teleskop hier auf der Erde. Ich vermute, dass deren Daten damit auch Grundlage für die Koordinatenfestlegung sein dürften.
Denk daran, dass jedes Koordinatensystem einen Zweck verfolgt. Auf Gasplaneten geht's vorwiegend um die Identifizierung von atmosphärischen und/oder magnetospärischen Erscheinungen, auf der Sonne entsprechend um Sonnenflecken oder Magnetstürme, Sonnenwind etc. Mehr kannst Du von den Systemen nicht verlangen, außer dass man noch die Änderungsrate der parallel genutzten Systeme eines Himmelsobjektes zueinander kennt und aufzeichnet.