Peter,
entweder man justiert die opt. Achse im Tubus kollinear zur Drehachse in den Schellen oder man manipuliert die Drehachse in den Schellen kollinear zur opt. Achse. Letzteres setzt voraus, dass die Schellen-Dreh-Konstruktion das erlaubt. Auch wenn der Vergleich hinkt, vergleich es mit den Justierschrauben eines Suchers, den du passend zum Hauptteleskop ausrichtest, so dass beide das gleiche am Himmel im Fadenkreuz bzw. Okular zeigen. Der Sucher mit dem Fadenkreuz dürfte tagsüber zum Herausfinden der Winkelabweichungen zwischen Tubus und Schellen eine Hilfe sein. Richte den Sucher einfach so aus, dass sein Fadenkreuz beim Drehen in den Schellen nicht wandert und du kannst auf Anhieb den Winkelfehler zwischen Tubus und Sucher (somit Drehkonstruktion der Schellen) erkennen.
Das macht meiner Meinung nach nur Sinn, wenn der Newton auf Dauer justierstabil ist. Denn jedes Nachjustieren des Hauptspiegels ändert ja die opt. Achse ein wenig und löst dann einen Rattenschwanz an Folgeausrichtungen aus.
Wenn Deine Montierung das hergibt:
Lass die Montierung im Alt-Az-Modus arbeiten. Dann musst Du nicht in den Schellen drehen. Die neueren Montierung kennen ja beide Modi. Parallaktisch brauchst du nur, wenn du fotografierst oder eine Montierung mit nur Stundenachsenantrieb hast.
Als Praktikerlösung kann ich sonst nur folgendes empfehlen: Wähle und sortiere deine geplanten Objekte so, dass du den Tubus (und die Montierung, denn das korrespondiert ja) nicht unnötig oft "umschlagen" musst. Wenn du umschlägst, dann nimm eine niedrigere Vergrößerung, so dass Dein Achsenfehler (Abweichung Drehachse/opt. Achse) im Bildfeld bleibt, korrigiere die Ausrichtung per Handsteuerung und wechsle dann erst auf eine höhere Vergrößerung. Unter Umständen lohnt sich nach dem "Umschlagen" in den Schellen auch einfach ein neues 1-Star-Alignment, vorausgesetzt, die Montierung ist halbwegs eingenordet und die nächsten Objekte sind nicht allzuweit auseinander entfernt.
Und denk dran: Selbst wenn deine Drehachse perfekt zur opt. Achse ausgerichtet ist. Wenn du den Tubus umschlägst, denn verbiegt sich der Okularauszug schwerkraftbedingt genau entgegengesetzt, was eine leichte (je nach Tubusstabilität) aber auch deutliche Dejustage zur Folge haben kann. Auch Deine Montierung produziert je nach Sorgfalt des Aligments/Einnordens Fehler, wenn du da eben mal 180° am Himmel den Blickwinkel änderst.
Gerade um den Meridian (Süden) herum will eine Montierung gerne umschlagen, obwohl noch nichts am Stativ anschlägt. Nutze vorhandene Einstellungen, dass du da vielleicht 10° mehr rausholen kannst, wenn du zenitnah unterwegs bist.