Hallo Andreas,
das gestackte Bild sieht tatsächlich merkwürdig aus. Ich tippe auf die Flat-Division. Hast Du es mal ohne versucht?
Ich habe H-alpha und DSLR erst ein mal versucht; hier das Ergebnis:
http://www.astrotreff.de/topic.asp?TOPIC_ID=179031
Habe die H-alpha mit meinem normalen Ablauf in PixInsight kalibriert und gestackt, danach den Rot-Kanal extrahiert, da nur der interessant ist.
Vielleicht ist der bei deinem Bild in Ordnung und nur die Farbkalibrierung ist nach Flat-Division komplett hinüber.
Gruß, Feri