Hallo,
Octave, http://www.gnu.org/software/octave/octave.html
Matlab Clone könnte da ggf. in Frage kommen. Matlab
selber kostet leider so viel wie ein gutes Teleskop und
ist daher rein privat keine echte Option.
Ich hab auf die Schnelle nichts zur FFT gefunden,
würde mich aber wundern, wenn gerade das fehlen sollte,
da (fast) alle Welt die freie FFTW lib zur FFT nimmt.
Viele Grüße,
Jens