Ich habe jetzt noch ein bisschen herumprobiert, weil es gefühlt manchmal funktioniert und manchmal nicht.
FFTRegistration hat bei mir immer dann ein Problem, wenn ich die Lights auch mit Master Flats kallibriere. bias und darks kein Problem, sobald ich flats mit hinzunehme erkennt er die offsets in den einzelnen Bildern nicht mehr korrekt.