Hallo Heinz,
hier gibt es wie immer kein Patentrezept und kommt darauf an, was du an Quellbildern hast und was kombiniert werden soll... Hier sehe ich zwei wesentliche Anwendungsfälle:
1.) Kombination zweier RGB-Aufnahmen: Diese würde ich separat kalibrieren und dann direkt gemeinsan stacken. StarAlign gehört zu diesem Prozess dann schon dazu und du integrierst quasi beide Aufnahmereihen in einen Stack, der dann ganz normal bearbeitet wird.
2.) Kombination RGB und Luminanzinformationen: Hier würde ich wie in deinem 2. Absatz beschrieben vorgehen. Wobei StarAlign die Bilder nicht kombiniert, sondern nur aufeinander ausrichtet und skaliert. Hier bietet es sich dann an, diese separat zu bearbeiten und letztendlich mit LRGB Combination zu vereinen.
Zu deiner letzten Frage: Sowas wäre möglich (nach Ausrichtung und Skalierung beider Bilder) beim Einsatz von entsprechenden Masken und PixelMath. Ob das sinnvoll ist? Keine Ahnung - das habe ich so noch nicht ausprobiert. Klassischerweise kam bei mir immmer der zweite Fall zur Anwendung => Kombination von reinern Luminanz- oder Ha-Daten mit RGB-Daten.
Hoffe das hilft dir etwas weiter 
