Vielleicht versteht das Programm die RAW Version von der 6D nicht oder noch nicht richtig (Update?).
Hier ist ein Link auf ein Programm, das so gut wie alles ohne Probleme stackt, weiß ja nicht, was für dich zu teuer ist. Bevor du es kaufst, kannst du dir eine Testversion schicken lassen und es ausprobieren.