"While it is programmed to ignore malformed data (i.e. anything besides an upload of new code), it will intercept the first few bytes of data sent to the board after a connection is opened"
Genau das passiert bei eine direkte Verbindung zu CdC.
CdC macht die Verbindung auf und schickt sofort ein :GD und wartet auf eine Antwort.
Diese :GD kriegt der Arduino nicht mit weil er neue startet denkt es kommt ein upload.
So gibt es keine Antwort.
Das ganze wäre nicht so tragisch wenn CdC Die Verbindung nicht schließen würde. Tut er aber und mit nächsten Verbindung startet den Arduino wieder neu.
Ich habe das ganze schon mehrmals gedebugt.
Bei Stellarium z.B passiert ähnliches mit einen Riesen Unterschied, Stellarium schließt die Verbindung nicht sondern fragt wieder :GD