Hallo Jürgen,
ich habe ein paar Ideen zu deinen Problemen:
Den Grünstich (bzw. stark grünes Bild) habe ich bei meinen Bildern auch. Das behebe ich in PI mit "BackgroundNeutralization".
CR3 und EOS R werden von NINA unterstützt. Empfohlen wird "use FreeImage as your RAW converter". Einstellen kannst du das in NINA unter "Optionen" --> "Kamera" --> "Erweiterte Einstellungen" --> "Raw Konvertierer". Prüfe das mal nach.
Zum debayern: Im "WeightedBatchPreprocessing" Skript musst du im Reiter "Calibration" die Zeile mit den Lights markieren. Dann kannst du rechts bei "CFA-Settings" den Haken bei "CFA images" setzten.
Nebenbei: welche NINA-Version setzt du ein?
CS Wolfgang